1991年，中国化学会青年化学奖，中国化学会；

1993年，卫矛科杀虫植物的化学成分及生物活性，国家教委科技进步奖二等奖，国家教委；

2000年，求是基金会“杰出青年学者奖”，香港求是基金会；

2002年，杂环丙烷醇的新反应及其在生物活性天然产物合成中的应用，甘肃省科技进步奖一等奖，甘肃省科技厅；

2005年，美国礼来公司“杰出科研成就奖”，美国礼来公司；

2006年，碳-碳(杂原子)键的形成与重排反应及其在药物合成中的应用，甘肃省自然科学奖一等奖，甘肃省政府；

2012年，“全国优秀科技工作者”称号，中国科学技术协会；

2013年，中国化学会“维善天然产物合成奖”，中国化学会；

2015年，基于化学键重排的季碳合成方法与天然产物合成，教育部自然科学奖一等奖，教育部；

2016年，碳碳键重组构建新方法与天然产物合成，国家自然科学奖二等奖，国务院；

2021年，中国化学会“手性化学奖”，中国化学会；

2022年，何梁何利“科学与技术进步奖”。